С самого начала XVI в. происходит формирование официальной идеологии Московского государства. Примерно в одно и то же время, в 20-е гг. XVI в. появляются "Послание о Мономаховом венце" Спиридона-Саввы, впоследствии переделанное в "Сказание о князьях Владимирских", и "Послание" псковского старца Филофея с обоснованием доктрины "Москва - третий Рим".

В "Послании о Мономаховом венце" Спиридона-Саввы излагалось предание, сыгравшее чрезвычайно важную роль в развитии официальной идеологии русского самодержавного государства. Это легенда о том, что правящая на Руси великокняжеской династии происходит от римского императора "Августа-кесаря" и эти династические права подтверждаются "Мономаховым венцом", полученным Владимиром Мономахом от византийского императора, той самой "Шапкой Мономаха", которая затем стала играть столь важную роль в чине венчания на царство. Следует иметь в виду, что "Шапка Мономаха" впервые использовалась при венчании на великое княжение еще до появления "Послания о Мономаховом венце": в 1498 г. ею венчался на великое княжение Московское внук Ивана III Дмитрий, объявленный соправителем деда. Также следует заметить, что один внешний вид "Шапки Мономаха" однозначно свидетельствует о совсем другом - не византийском, а татарском - ее происхождении, и в действительности этот головной убор (естественно, первоначально без креста наверху) был подарен скорее всего Ивану Даниловичу Калите одним из татарских ханов, возможно, ханом Узбеком. В связи с этим происхождением "Мономахова венца" Б.А. Успенский предположил, что, возможно, первоначально эта шапка символизировала ориентацию московского великого князя на татарского хана, которого, как и византийского императора, на Руси называли "царем" или "цесарем": "здесь было два представления о царской власти, церковное и светское: если для Церкви "царь" ассоциировался прежде всего с византийским императором, то для великого князя "царь" - это прежде всего татарский хан, от которого принимается поставление. Таким образом, превращение азиатского головного убора в "Шапку Мономаха" наглядно свидетельствует о смене культурной ориентации".

В 1547 г. происходит венчание молодого великого князя Ивана IV на царство: он был коронован шапкой Мономаха и объявлен "царем всея Руси". В связи с этим был составлен чин венчания, во вступлении к которому были использованы идеи "Сказания о князьях Владимирских". В начале "Сказания" излагается библейское родословие человечества после всемирного потопа, далее - хорошо знакомая древнерусскому читателю переводной "Александрии" история о рождении от египетского волхва и чародея Нектонава великого завоевателя Александра Македонского, затем история премудрой египетской царицы Клеопатры, согласившейся выйти замуж за Антония, дабы сохранить мир и избежать кровопролития, но гордо ответившая убийце Антония Юлию Цезарю: "Лутши ми есть царици египетьской смерть прияти, нежели пленьницею приведенной быти в Рим". После этого автор переходит к римской истории и уделяет особое внимание Августу, который "начят дань подкладати на вселенней" и везде посадил своих родичей. Одним из "сродников" Августа был некто Прус, посаженный "в брезе Вислы реце", на том месте, которое впоследствии будет называться Прусской землей. Именно из этой земли во времена новгородского воеводы Гостомысла "мужи новгородстии" пригласили на Русь "некоего князя именем Рюрика, суща от рода римъскаго Августа царя".

Идея перехода на Русь регалий, принадлежавших прежним столицам мира, развивалась еще в одном памятнике того же времени - в "Повести о новгородском белом клобуке". В ней рассказывается о белом клобуке, подаренном первым христианским царем Константином папе Сильвестру. После того, как Римская церковь впала в ересь, папа по приказу ангела, явившегося ему во сне, переслал клобук константинопольскому патриарху. Но патриарху тоже явился ангел и приказал ему отправить клобук в Новгород, ибо ветхий Рим отпал от славы и веры Христовой гордостью и своеволием, в новом Риме, т.е. Константинополе, христианская вера также погибнет в результате мусульманского насилия, над третьим же Римом, который находится в Русской Земле, воссияет благодать Святого Духа. Большинство исследователей традиционно рассматривало этот памятник в контексте новгородской литературы и усматривало в нем отчетливое противопоставление Новгорода Москве. Однако в последнее время В.М. Кириллин предположил, что "Повесть о новгородском белом клобуке" могла быть создана кем-нибудь из влиятельных новгородцев, ассоциировавших себя не только с Новгородом, но и с Москвой (например, митрополитом Макарием или священником Сильвестром, входившим в "Избранную Раду"), либо появиться в их окружении.

Доктрина "Москва - третий Рим" возникла не сразу: она имела "скрытый" период своего развития с XV по конец XVI в. Первым импульсом процесса послужили события 1439 г. Погибавшая под натиском турок Византийская империя стремилась получить военную поддержку со стороны Европы и ее представители подписали на Ферраро-Флорентийском соборе акт об унии Восточной и Западной Церкви с признанием греческой Церковью католических догматов и главенства Римского папы. С русской стороны на соборе также присутствовала делегация, которую возглавлял грек по национальности митрополит Исидор. Исидор также подписал унию и с этим вернулся на Русь. Московский князь Василий II возмутился и отверг неравноправный союз. Он созвал в 1441 г. Собор русских церковных иерархов, который низложил Исидора и избрал нового предстоятеля Русской Церкви - митрополита Иону.

В 1453 г. Константинополь пал под натиском турок и патриарх константинопольский оказался в государственной зависимости от мусульманского султана. По этому поводу сын Василия II великий князь Иван III высказывался тоже вполне определенно: "Греческое ся православие изрушило". На Руси весьма определенно связывали победу турок над Византией с принятием греками унии; потеря государственной независимости - это Божья кара, наказание за измену православию. Освободившееся место византийского императора в историософском сознании начинает занимать русский государь, который начинает восприниматься по той же модели, по какой традиционно воспринимался цесарь. Отсюда в первую очередь наименование: царем и самодержцем более или менее последовательно называются русские государи начиная с Василия II.

В 1473 г. Иван III вступил в брак с последней византийской принцессой Софией Палеолог. Именно тогда Москва приняла в качестве государственного герба византийского двуглавого орла.

Окончательное освобождение русского народа от татаро-монгольского ига в 1480 г. поставило уже напрямую перед Московским государством вопрос об осмыслении своего исторического бытия и предназначения. Исторические события определенно противопоставляли исторические судьбы двух великих православных держав: в то время как в Византии мусульманство торжествует над православием, на Руси православие одерживает долгожданную победу над мусульманством. Именно тогда-то была трансплантирована из Византии и нашла у нас почву богословская мысль о "третьем Риме".

Впервые мысль о Москве как о "новом Константинополе" высказывается в "Изложении пасхалии", написанном митрополитом Зосимой в 1492 г. (все пасхалии заканчивались этим годом, т. к. именно в это время ожидали конца света, опираясь на простой арифметический расчет: 5508+1492=7000 от сотворения мира, а в Писании сказано, что у Господа тысяча лет как один день; соответственно, подходил к концу шестой всемирно-исторический день и наступал день седьмой - не только день отдохновения, но и начало глобальных перемен). Текст, написанный Зосимой, был существенно отредактирован игуменом Троице-Сергиева монастыря Симоном в 1495 г. (в этом же году Смимон был поставлен в митрополиты вместо низложенного Зосимы). Зосима, говоря о Константинополе, называет его "новым Иерусалимом" (выдвигая, таким образом, на первый план теократическую идею), а Симон - "новым Римом" (выдвигая имперскую идею, идею подчинения священства царству).

Около 1523 г псковский монах, старец Спасо-Елеазаровской обители Филофей адресовал дьяку М.Г. Мисюрю-Мунехину (ум. в 1528 г.), эмиссару великого князя московского во Пскове, "Послание на звездочетцев". На основании этого сочинения в первой половине XVI в. составляются поучения, обращенные к государю (Василию III или Ивану IV) где говорится о роли русского государства во всемирно-историческом процессе; эти поучения также приписываются Филофею. Здесь говорится: "Старого убо Рима Церковь падоша неверием Аполинариевой ереси, Второго Рима - Константинова града Церковь агаряне секирами и оскордами разсекоша. Сия же ныне Третьяго нового Рима державного твоего царствия святая соборная апостольская Церковь во всей поднебесной паче солнца светился... Ведай и внимай, благочестивый царь (!), что все царства православной христианской веры снидошася в твое единое царство. Един ты во всей поднебесной христианом царь". Послание увенчано главной мыслью: "Два убо Рима падоша, а Третий (Москва) стоит, а четвертому - не быти".

В связи с наименованием русского государя единственным православным царем Б.А. Успенский замечал, что, помимо России, существовало еще одно православное государство - Грузия, выпавшая из поля зрения русского восприятия истории.

Б.А. Успенский писал, что доктрина "Москва - третий Рим" получила в России и космологическое, и историческое обоснование, в связи с чем в ней совместились представления о цикличном и линейном времени: наряду с последовательным развитием событий происходит возвращение к тому, что уже было, в рамках нового временного цикла. И в "Изложении пасхалии" Симона, и в "Послании на звездочетцев" Филофея проблемы времени занимают важное место. Языческому представлению о времени, которое проявлялось, например, в астрологических предсказаниях, Филофей противопоставляет идею провиденциализма. Движение времени, а, следовательно, и история зависят от Бога, а не от звезд. А поскольку "третий Рим" мыслится как последнее земное царство, Москва завершает собой человеческую историю и непосредственно предшествует осуществлению Царствия Небесного, когда "времени уже не будет". В этом также следует усмотреть связь с эсхатологическими и мессианскими настроениями, изначально присутствовавшими в доктрине "Москва - третий Рим".

Доктрина "Москва - третий Рим" стала на Руси известной и общепризнанной при сыне Василия III Иване IV Грозном, когда после 1547 г. Московское великое княжество стало царством. Она сыграла огромную роль в развитии русского имперского самосознания, возвышении русского централизованного государства. Но не найдя признания за рубежом, она не нашла отражения и в официальных документах Руси. Историки искусства отмечают, что она так и осталась бы умозрительной идей, если бы не московские градостроители, которые в XVI-XVII вв. активно внедряли в структуру Третьего Рима элементы двух первых (7 холмов; комплекс царских палат по принципу Roma Quadrata, т.е. квадратный в плане, хотя Кремль и был треугольным; наличие Лобного места в центре города, откуда стали отмеряться расстояния до городов Русской земли; двуглавый орел увенчал все правительственные здания и сооружения Москвы). Символическое значение и функцию Золотых ворот приняла на себя Фроловская (Спасская) башня Кремля, обретя двойной смысл. Первый был связан с праздником Входа Господня в Иерусалим. Митрополит Макарий рассказал Ивану Грозному, еще мальчику, как император Константин Великий совершал в этот день "конюшенное служение": вводил в город через Золотые ворота под уздцы коня ("осля") папы Сильвестра, заповедав таковое творить и в последующие времена. Поэтому и молодой царь стал участвовать в совершении этого чина на празднике Входа Господня в Иерусалим, ведя от Лобного места во Фроловские ворота до Успенского собора коня с сидящим на нем митрополитом Макарием (о чем свидетельствуют иностранцы). Второй смысл связан с триумфальным въездом в Кремль царей, как во Втором Риме.

С точки зрения доктрины "Трех Римов" можно легко понять цель массового привлечения в Москву иностранных специалистов и, в первую очередь, мастеров из первого Рима (итальянцев) и Рима второго (греков, особенно православных иконописцев). Отовсюду приглашались зодчие, каменщики, резчики, чеканщики, литейщики. Это были также сербы, болгары, немцы, англичане, шведы, татары. Как Первый и Второй Рим, Москву как столицу христианского православного мира строили "разных орд люди", "все языцы" земли.